下面是两者的主要区别：

1、商标权与版权同属知识产权，但受不同的法律保护，保护的客体不尽相同，并不具有对等性。

2、作品在创作完成即具有著作权（版权），不要求必须进行著作权登记。然而，进行著作权登记有利于作品保护，有利于对作品进行所有权归属举证。

3、商标仅在注册的商品或类似商品范围内受商标法保护，不能排除他人在其它不相同或不类似类别的商品上进行商标注册申请。进行著作权登记的作品有利于著作权所有者以享有的在先版著作权益对他人商标申请提起异议、宣告无效等。

4、同样地，若以他人作品进行商标注册申请，将可能面临侵犯他人在先著作权的风险。